Die Naturschutzgebiete in den Südlichen Chiemsee-Mooren wurden als Renaturierungsmaßnahme intensiv wiedervernässt.
Beim Überfliegen fallen vor allem die Wasserflächen in der Rottauer Filzen und der Kendlmühlfilzen auf. Diese gehen weitgehend auf tiefere Abbaugräben aus den Zeiten der Torfgewinnung zurück.
Selbstverständlich wurde aber auch in den übrigen z.T. mit Bäumen bestandenen Moorflächen der Grundwasserspiegel massiv angehoben und lässt den früheren Bewuchs absterben.
Dadurch entstehen reichlich Nährstoffe, die in den überstauten Bereichen nicht unbedingt zu einem Hochmoor mit seiner an Nährstoffmangel angepassten Vegetation führen, sondern eher zu Versumpfung und Produktion von Sumpfgas